В университете организован образовательный процесс на 6 факультетах: лечебном; медико-диагностическом; медико-профилактическом; факультете иностранных студентов; факультете довузовской подготовки; факультете повышения квалификации и переподготовки. В университете обучается 4258 студента, в том числе более 1000 иностранных студентов из 35 стран мира получают образование на русском и английском языках. 

В апреле 2010 года Гомельскому государственному медицинскому университету выдан сертификат международного образца на соответствие системы менеджмента качества требованиям стандарта ISO 9001:2008. Данный сертификат удостоверяет, что система менеджмента качества проектирования и осуществления образовательной деятельности в области медицинского образования: довузовское (подготовительные курсы, подготовительное отделение); вузовское (первая и вторая ступени образования); последипломное (стажировка, интернатура, клиническая ординатура, аспирантура) – соответствует требованиям ISO 9001:2008. В 2023 году получен сертификат на соответствие требованиям ISO 9001:2015.  

В марте 2012 года университет аккредитован Государственным комитетом по науке и технологиям и Национальной академией наук Беларуси как научная организация.

В декабре 2021 г. Гомельский государственный медицинский университет получил международную институциональную аккредитацию по стандартам Всемирной федерации медицинского образования. 

Университет аккредитован в Медицинских советах Индии, Шри-Ланки, Пакистана, Мальдив, входит в список World Directory of Medical Schools. Признается ECFMG,  GMC и др. 

В рамках международного сотрудничества Гомельским государственным медицинским университетом заключены и действуют соглашения (договоры) о сотрудничестве с иностранными учреждениями образования, научно-исследовательскими и другими зарубежными организациями.