В апреле 2010 года Гомельскому государственному медицинскому университету выдан сертификат международного образца на соответствие системы менеджмента качества требованиям стандарта ISO 9001:2008. Данный сертификат удостоверяет, что система менеджмента качества проектирования и осуществления образовательной деятельности в области медицинского образования: довузовское (подготовительные курсы, подготовительное отделение); вузовское (первая и вторая ступени образования); последипломное (стажировка, интернатура, клиническая ординатура, аспирантура) – соответствует требованиям ISO 9001:2008.

В марте 2012 года университет аккредитован Государственным комитетом по науке и технологиям и Национальной академией наук Беларуси как научная организация.

В рамках международного сотрудничества Гомельским государственным медицинским университетом заключены и действуют соглашения (договора) о сотрудничестве с иностранными учреждениями образования, научно-исследовательскими и другими зарубежными организациями.

В числе основных партнеров университета такие иностранные учреждения образования, как Университет г. Нагасаки (Япония), Университет г. Акиты (Япония), Курский медицинский университет (Россия), Университет г. Абердин (Шотландия) и другие. Продолжается сотрудничество с университетами г. Фукусима и г. Нагасаки (Япония): проводятся совместные исследования по проблемам актуальным для Беларуси и Японии, в связи с последствиями аварий на ЧАЭС и АЭС «Фукусима-1».